На факультеті функціонують аспірантура денної та заочної форм навчання для здобуття наукового ступеня доктора філософії за спеціальностями 113 Прикладна математика, 121 Інженерія програмного забезпечення, 122 Комп`ютерні науки, працюють дві спеціалізовані вчені ради:
Спеціалізована вчена рада Д 08.051.09 проводить захисти дисертацій на здобуття наукового ступеня кандидата та доктора фізико-математичних наук за спеціальностями: 01.05.01 - теоретичні основи інформатики та кібернетики; 01.05.02 - математичне моделювання та обчислювальні методи. Голова ради – д.ф.-м.н., член-кор. НАНУ, декан факультету прикладної математики Кісельова Олена Михайлівна. Вчений секретар ради – к.ф.-м.н., доц. Турчина Валентина Андріївна.
Спеціалізована вчена рада К 08.051.01 проводить захисти дисертацій на здобуття наукового ступеня кандидата технічних наук за спеціальностями: 05.01.01 – Прикладна геометрія, інженерна графіка; 05.13.06 – Інформаційні технології. Голова ради – доктор технічних наук, професор Корчинський Володимир Михайлович. Вчений секретар – кандидат технічних наук, доцент Антоненко Світлана Валентинівна.